San Cayetano: Tenemos subversion!!!!!

http://code.google.com/p/relaxtives

Que es Subversion

Subversion (también conocido como SVN) es un potente sistema de control de versiones. Es considerado el “sucesor” de CVS, ya que fue diseñado con la idea de reemplazarlo.

Lo bueno de Subversion, es que para los que vienen de usar CVS, lo van a ver como un “alivio”, ya que muchas de las fallas de CVS son solucionadas. Y para los que nunca usaron un sistema de control de versiones, les va a parecer muy simple de instalar, configurar y usar.

Ventajas

* Se sigue la historia de los archivos y directorios a través de copias y renombrados.
* Las modificaciones (incluyendo cambios a varios archivos) son atómicas.
* La creación de ramas y etiquetas es una operación más eficiente; Tiene costo de complejidad constante (O(1)) y no lineal (O(n)) como en CVS.
* Se envían sólo las diferencias en ambas direcciones (en CVS siempre se envían al servidor archivos completos).
* Puede ser servido mediante Apache, sobre WebDAV/DeltaV. Esto permite que clientes WebDAV utilicen Subversion en forma transparente.
* Maneja eficientemente archivos binarios (a diferencia de CVS que los trata internamente como si fueran de texto).
* Permite selectivamente el bloqueo de archivos. Se usa en archivos binarios que, al no poder fusionarse fácilmente, conviene que no sean editados por más de una persona a la vez.
* Cuando se usa integrado a Apache permite utilizar todas las opciones que este servidor provee a la hora de autentificar archivos (SQL, LDAP, PAM, etc.).


Pablo Benjamín Arroyo: Un orgullo Argentino

La camara de diputados acaba de aprobar el proyecto de ley del impuestazo tecnologico a los productos importados...

A continuacion el PDF con el proyecto PDF


Fuente

La verdad que esto a mi me indigna, el dolar esta por las nubes y subiendo mas aun, y esto es el colmo, las ganas de progresar quedan en nada ahora...pero la esperanza es lo ultimo que se pierdo y solo queda esperar que algo bueno salga de esto...




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Sebastian Bassi: Anuncio del libro "Python for Bioinformatics"

Aca está el anuncio de mi libro Python for Bioinformatics


"Python for Bioinformatics"
ISBN 1584889292
Amazon: http://www.tinyurl.com/biopython
Publisher: http://www.crcpress.com/product/isbn/9781584889298

This book introduces programming concepts to life science researchers, bioinformaticians, support staff, students, and everyone who is interested in applying programming to solve biologically-related problems. Python is the chosen programming language for this task because it is both powerful and easy-to-use.

It begins with the basic aspects of the language (like data types and control structures) up to essential skills on today's bioinformatics tasks like building web applications, using relational database management systems, XML and version control. There is a chapter devoted to Biopython (www.biopython.org) since it can be used for most of the tasks related to bioinformatics data processing.

There is a section with applications with source code, featuring sequence manipulation, filtering vector contamination, calculating DNA melting temperature, parsing a genbank file, inferring splicing sites, and more.

There are questions at the end of every chapter and odd numbered questiona are answered in an appendix making this text suitable for classroom use.

This book can be used also as a reference material as it includes Richard Gruet's Python Quick Reference, and the Python Style Guide.

DVD: The included DVD features a virtual machine with a special edition of DNALinux, with all the programs and complementary files required to run the scripts commented in the book. All scripts can be tweaked to fit a particular configuration. By using a pre-configured virtual machine the reader has access to the same development environment than the author, so he can focus on learning Python. All code is also available at the http://py3.us/## where ## is the code number, for example: http://py3.us/57

I've been working on this book for more than two years testing the examples under different setups and working to make the code compatible for most versions of Python, Biopython and operating systems. Where there is code that only works with a particular dependency, this is clearly noted.

Finally, I want to highlight that non-bioinformaticians out there can use this book as an introduction to bioinformatics by starting with the included "Diving into the Gene Pool with BioPython" (by Zachary Voase and published originally in Python Magazine).

Francisco Malbrán: Pálpitos

Resulta ser que el pulpito trataba de mantener su tentáculos en orden. La particularidad que le caracterizaba residía en que los tentáculos le nacían por montones, y eso resultaba a veces gratificante, y a veces algo ciertamente terrible.
Entre las angustias que le aquejaban la que más normalmente le recurría era aquella que tenía que ver con soltar cosas para acomodar otras. Algunos tentáculos estaban ya retorcidos por querer mantenerse aferrados a algo, ya en posiciones contorsionistas, incómodas y hasta dolorosas, y aún así soltar resultaba un pensamiento que intuía tanto dolor que el miedo lo invadía por completo. Pasaban largos días antes de que decidiera algo así.
Pero resulta ser que había otro tipo de situaciones. El pulpito no era un ser independiente en el mundo. Tenía tentáculos que nacían de él, pero que volvían a nacer de otros (no se podía discriminar el comienzo). Su problema profundo residía en cómo solucionar situaciones en la que éstos lazos empezaban a incomodarlo, a hacerle doler, a contorsionarlo. Estas angustias eran más raras que las anteriores, pero ciertamente más complicadas y sensibles. La pregunta que se hacía normalmente era: "yo... ¿soy yo y mis tentáculos se atan a otros? ¿o yo soy yo Y los otros?"
Desde el púlpito de su mente (la del pulpito), una voz grave, profunda y contundente erigía normas a las cuales atenerse, y decía cosas tales como: "Haz de crear lazos con todo aquél que necesite tu tentáculo" y "Te sacrificarás ante la necesidad del otro" y "Nunca olvides que sólo la voz del púlpito te llevará por el camino correcto".
El pulpito, sin embargo, tenía tintas de anarquista, luchaba contra las construcciones mentales que creía haber aprendido en el pasado y que denominaba "alter-algo". Nunca fue muy culto, pero cuando discutía consigo mismo, generalmente intentaba eliminar todos los alteralgos para encontrarse con su yo verdadero. Sabía que podía fácilmente elaborar teorías y discursos convincentes y lógicos que nada tuvieran que ver con sus esencias, sino más bien con sus capacidades pulpísticas.
Mareado por sus propios razonamientos, el pulpito nadó sin dirección buscando un nicho de soledad y contención al mismo tiempo. Endureció su postura respecto de las normas (determinó nunca escuchar a la voz del púlpito) y trató de abrir su mente lo más posible para que fluyan en ella pececitos que le iluminen el espacio.
Por lo pronto, tenía el fuerte pálpito de que tendría que inventar algo brillante, trabajar duro, y esperar nomás... quizás las corrientes traerían alguna (otra) sorpresa.

Sebastian Bassi: La bajada mas rápida de la historia

Esta bajada fue tan pero tan rápida que no lo van a poder creer: 20Mb en menos de 1 segundo. Para darse una idea, es mucho mas rápido que si hubiese transferido archivos entre mis computadoras.
Vean:

root@ubuntu:~/yacy# wget http://javadl.sun.com/webapps/download/AutoDL?BundleId=31611
--18:23:30-- http://javadl.sun.com/webapps/download/AutoDL?BundleId=31611
=> `AutoDL?BundleId=31611'
Resolving javadl.sun.com... 72.5.124.92
Connecting to javadl.sun.com|72.5.124.92|:80... connected.
HTTP request sent, awaiting response... 302 Moved Temporarily
Location: http://dl8-cdn-01.sun.com/s/[EDITADO]=jre-6u14-linux-i586.bin [following]
--18:23:31-- http://dl8-cdn-01.sun.com/s/[EDITADO]=jre-6u14-linux-i586.bin
=> `jre-6u14-linux-i586.bin?e=124[EDITADO]=jre-6u14-linux-i586.bin'
Resolving dl8-cdn-01.sun.com... 68.142.123.45, 68.142.123.166
Connecting to dl8-cdn-01.sun.com|68.142.123.45|:80... connected.
HTTP request sent, awaiting response... 200 OK
Length: 20,851,822 (20M) [application/octet-stream]

100%[====================================>] 20,851,822 71.24M/s

18:23:31 (71.24 MB/s) - `jre-6u14-linux-i586.bin?e=1248[EDITADO]=jre-6u14-linux-i586.bin' saved [20851822/20851822]

Nota: Puse [EDITADO] en algunos lugares para que no se vaya el texto tan a la derecha y tape datos de la columna que está ahi.

Mi única explicación es que mi servidor (que está en Linode) esté en el mismo datacenter que el sitio que estoy bajando (sun.com). ¿Como puedo saber si sun.com está en el mismo datacenter de Linode.com? Linode está en "The Planet".

Sebastian Bassi: Montando la ola (Google Wave) [EDITADO]

Me acaba de llegar la confirmación que podré probar Google Wave como developer, me llegó un email con un link para llenar un formulario (hecho con Google Docs) y al final dice que me darán el user y el password:


Si no conocen que es Google Wave, les recomiendo este video:



En resumen es una combinación entre email, foro, wiki, IM y procesador de texto en un solo programa, lo que crearia toda una nueva dinamica de trabajo, al menos para quienes puedan adaptarse a ella, ya que no preveo facil al transición (todavia hay gente que rechaza toda herramienta colaborativa mas alla de enviar .docs adjuntos por email). Otra ventaja es que tendrá una implementación de referencia open source cosa que cualquier pueda instalarlo en su servidor asi no existe mas la excusa (válida por cierto) de "no quiero dejarle los datos a Google".

Nuevos datos:

Ya la empecé a usar. Es realmente increible, a pesar de lo buggy que está!. Amplien la foto de abajo para ver como es: